Dentro de sus compromisos con el Desarrollo Sostenible, Mercacórdoba cuenta entre sus principales prioridades con la minimización de la contaminación ambiental que se produce en la unidad alimentaria. Con este objeto, la empresa pública ha medido su huella de carbono y ha trabajado para alcanzar un 39,5 % de reducción de las emisiones de CO2 a la atmósfera.